Mikrobiota skóry to złożony ekosystem, składający się z bakterii, grzybów i wirusów. Rolą mikrobioty ludzkiej skóry jest utrzymywanie homeostazy w organizmie, stąd zakłócenie równowagi naturalnego składu mikrobiomu człowieka może prowadzić do rozwoju zapalenia i infekcji. Atopowe zapalenie skóry to nieinfekcyjna, zapalna choroba skóry o przewlekłym i nawrotowym przebiegu, charakteryzująca się występowanie rumieniowo-złuszczeniowych zmian skórnych, z towarzyszącym świądem oraz tendencją do nadkażeń. U podłoża choroby leżą przede wszystkim defekt bariery naskórkowej, zaburzenia funkcjonowania układu odpornościowego oraz zmiana składu mikrobiomu skóry. Obserwuje się wyraźnie zmniejszoną różnorodność mikrobioty skóry atopowej – spadek liczby bakterii z rodzaju Cutibacterium, Streptococcus, Acinetobacter, Corynebacterium i Prevotella, z równoczesnym wzrostem odsetka bakterii z rodzaju Staphylococcus, zwłaszcza S. aureus. Na skórze osób zdrowych stanowi on około 20% mikrobiomu, podczas gdy u chorych z atopowym zapaleniem skóry odsetek S. aureus potrafi wzrosnąć nawet do 30–100%. Dodatkowo obserwuje się dodatnią korelację kolonizacji skóry S. aureus z ciężkością choroby. S. aureus odgrywa kluczową rolę w rozwoju stanu zapalnego skóry w przebiegu atopowego zapalenia skóry, między innymi poprzez indukcję ekspansji limfocytów, uwalnianie cytokin, prozapalnych lipoprotein, stymulację degranulacji komórek tucznych. Mikrobiologiczna różnorodność flory bakteryjnej skóry pacjentów z atopowym zapaleniem skóry podczas zaostrzeń choroby jest silnie skorelowana z zastosowanym leczeniem. Wynika z tego, że odpowiednio dobrane i regularnie stosowane leczenie różnicuje florę bakteryjną skóry, niejednokrotnie poprzedzając kliniczną poprawę u chorego.