Drobnoustroje występują w wielu miejscach naszego organizmu (jelita, skóra, narządy rodne), ale największą grupę stanowią i najważniejszą rolę odgrywają te, które zasiedlają przewód pokarmowy. Wiadomo, że układ pokarmowy płodu jest jałowy, jednak po urodzeniu liczba mikroorganizmów w jelitach noworodka szybko wzrasta. Zasiedlanie przewodu pokarmowego przez bakterie ma fundamentalne znaczenie dla naszego przyszłego życia. Szczególną uwagę zwraca się na tzw. programowanie zdrowotne. Uważa się, że w ciągu 1000 pierwszych dni życia dziecka (obejmujących życie płodowe, okres niemowlęcy i wczesnodziecięcy) mamy możliwość programowania metabolizmu człowieka poprzez odpowiednie żywienie. Prawidłowe żywienie w czasie ciąży, laktacji oraz w pierwszych latach życia dziecka nie tylko zapewnia odpowiednie przyrosty masy ciała i optymalny stan odżywienia, ale również wpływa na odległe – tzw. długofalowe – efekty programowania zdrowotnego. Przypuszczalnie ma też znaczenie w rozwoju chorób alergicznych. Ostatnie dowody wskazują, że ryzyko atopii może być związane z dysbiozą mikrobiomu jelitowego, w związku z tym wzrosło zainteresowanie rolą probiotyków w zapobieganiu zaburzeniom alergicznym. Najlepiej udokumentowane jest podawanie probiotyków kobietom w ciąży, karmiącym oraz dzieciom w pierwszych 6 miesiącach życia jako działanie profilaktyczne zmniejszające częstość atopowego zapalenia skóry. Niektóre dane wskazują także na rolę przyjmowania probiotyków w nabywaniu tolerancji pokarmowej. Dodatkowo istotne jest, by podawany preparat probiotyczny był skuteczny, gdyż nie każdy obecny na rynku gwarantuje pożądane działanie. Szczepy bakterii muszą być przebadane pod kątem ich genomu, skatalogowane w bankach i opatrzone odpowiednim numerem identyfikacyjnym. Tylko z takich skatalogowanych i przebadanych szczepów można hodować kolonie dla najskuteczniejszych preparatów. Gwarantem skuteczności jest nie ilość bakterii, lecz ich jakość.