Mikrobiotą nazywamy ogół mikroorganizmów zamieszkujących daną niszę ekologiczną. W ostatnich latach badania oparte na biologii molekularnej umożliwiły przynajmniej częściowe poznanie skomplikowanych interakcji między samymi mikroorganizmami, ale także między mikroflorą a organizmem gospodarza. W organizmie człowieka szczególnie sprzyjające warunki do namnażania się bakterii występują w jelicie grubym, w głównej mierze ze względu na powolny pasaż treści jelitowej. Szacuje się, że ciężar mikrobioty bytującej w błonach śluzowych człowieka może wynosić nawet 2 kg. Pomimo tak licznej i zróżnicowanej flory komensalicznej nie dochodzi do rozwoju przewlekłej odpowiedzi zapalnej, istnieje bowiem wiele mechanizmów zabezpieczających zarówno przed nadmiernym rozrostem, jak i przed przedostawaniem się bakterii komensalnych poza światło przewodu pokarmowego. Mikrobiota pełni w organizmie wiele istotnych funkcji, m.in. pozwala na efektywne przyswajanie energii, bierze udział w syntezie witamin oraz absorpcji jonów magnezu, wapnia i żelaza, wpływa na wzmocnienie integralności jelita. Zajmując niszę ekologiczną i stymulując układ odpornościowy, chroni przed namnażaniem się potencjalnych patogenów. W ostatnim czasie podkreślany jest związek mikrobiomu z konkretnymi jednostkami chorobowymi. Ważnych informacji dostarczyły badania składu flory jelitowej w przebiegu chorób przewodu pokarmowego, takich jak nieswoiste zapalenia jelit. Sugeruje się również zależność między składem flory komensalnej a otyłością, alergią, chorobami nowotworowymi czy autyzmem. Mikrobiom człowieka podlega licznym zmianom za sprawą czynników zewnętrznych i wewnątrzustrojowych. Najbardziej gwałtowne zaburzenia nazywane są dysbiozą. Do głównych jej przyczyn należy antybiotykoterapia, której niekorzystny wpływ na organizm człowieka może utrzymywać się przez kilka miesięcy, a nawet lat.