Najczęstszą przyczyną wymiotów w wieku niemowlęcym są błędy w karmieniu. Ich rozpoznanie wymaga wnikliwej analizy sposobu żywienia oraz przygotowywania posiłków. Optymalne warunki dla takiej oceny stwarza kilkudniowa obserwacja dziecka. Również zaburzenia więzi matki z dzieckiem mogą się istotnie przyczyniać do większej częstości zwracania pokarmu. Znaczna część incydentów wymiotów niemowlęcych nie wynika z zaburzeń chorobowych, a jedynie z fizjologicznej niedojrzałości górnego odcinka przewodu pokarmowego. Refluks żołądkowo-przełykowy uważany jest za zjawisko normalne, o przejściowym charakterze, będące konsekwencją anatomicznej i czynnościowej niedojrzałości przewodu pokarmowego młodszych niemowląt. Leczenia wymagają jedynie te dzieci, u których refluks żołądkowo-przełykowy wywołuje takie objawy kliniczne, jak: zaburzenia rozwoju fizycznego, niepokój, zaburzenia połykania, wheezing, kaszel lub bezdechy, albo prowadzi do rozwoju powikłań, np. zapalenia przełyku, jego zwężenia czy przełyku Barretta. Kolejną najczęściej rozpoznawaną przyczyną wymiotów w wieku niemowlęcym są różne manifestacje kliniczne alergii na pokarmy. Immunologiczna reakcja na białka pokarmowe może wywoływać mniej niż 1% przypadków wymiotów, a ich rozpoznanie powinno zostać potwierdzone w teście eliminacji i prowokacji. Wiele innych chorób przewodu pokarmowego również może prowadzić do wymiotów, m.in. infekcyjne zapalenie żołądka i jelit, nieswoiste zapalenie jelit, nietolerancje pokarmowe, a także cholestaza zewnątrzwątrobowa oraz zapalenie trzustki.